一是將原來的食品流通許可證與餐飲服務許可證二證合一，食品流通許可證合并為食品經營許可證后，經營項目由原來的 預包裝食品 、散裝食品2類，變為： 預包裝食品 銷售(含冷藏冷凍、不含冷藏冷凍)、散裝食品(含冷藏冷凍、不含冷藏冷凍)、特殊食品銷售(保健食品、特殊醫學用途配方食品、 嬰幼兒配方 食品、其他 嬰幼兒配方 食品)共8類。

    二是加大對特殊食品的監管，應當在經營場所劃定專門的區域或柜臺、貨架擺放、銷售，分別設立提示牌，建立從事保健食品經營活動人員的培訓制度，開展保健食品有關法律、法規和相關知識的培訓，并建立培訓記錄和個人培訓檔案，培訓合格人員方可從事保健食品的經營活動。

    三是增加對特殊主體業態的監管要求。利用自動售貨設備從事食品銷售的和通過互聯網從事食品經營的予以明確規定。

    四是增加了對食品貯存和運輸環節的監管內容。運輸工具應符合的要求是符合安全標準的專用運輸工具，運輸車廂的內倉應抗腐蝕、平整、防潮、易清潔消毒；不得運輸可能對食品安全有不良影響的貨物；在經營場所外設置倉庫(包括自有和租賃)的，還應當在副本中載明倉庫具體地址。在食品經營許可證的核發中將貯存場所的現場核查予以單列。