由于網絡食藥品違法犯罪具有更廣的地域性、更強的擴散性、更強的隱蔽性、更大的欺騙性，以及法律法規尚不健全、刑事司法證據標準較高等原因，導致此類違法犯罪發現難、取證難、打擊難，影響了行政機關和司法機關對此類犯罪的查辦力度和打擊效果。在刑事司法實踐中，主要有以下幾個突出問題值得研究。

　　(一)關于主觀明知問題。判斷行為人是否具有主觀明知，除在客觀事實的基礎上,結合行為人的認知能力、從業經歷等綜合因素予以判斷外，還要充分考慮食藥品安全的公知性，因為國家對食藥品的生產、經營均實行嚴格的審批和許可制度,對于行為人主觀上認知的程度不一定需要達到確切的程度就可認定，司法機關是否可以結合價格、來源、資格、行為方式等直接予以推定。

　　(二)關于犯罪數額問題。應當將經營金額和貨物數量共同作為認定犯罪數額的參考標準，在犯罪形態上也可以參照毒品犯罪的標準，只要以銷售為目的的，一概認定為既遂，同時還充分考慮貨物的數量，避免對犯罪數額認定上的不統一和各種分歧。

　　(三)關于案件管轄問題。將被害人所在地作為網絡食藥品犯罪行為發生地，有助于從源頭上打擊和懲處各種食藥品違法犯罪行為，與此相關聯的犯罪行為也可以一并納入管轄范圍，才能從根本上鏟除和遏制食藥品犯罪行為的蔓延。

　　(四)關于鑒定問題。由于食品、藥品的專業性特征，對假劣藥、有毒有害食品以及不符合食品安全標準的食品的認定具有相當的專業性和技術性，往往需要專業的檢驗鑒定機構出具意見。雖然司法解釋明確了檢驗報告的證據效力，但司法實踐中，在檢驗機構的選擇、檢驗標準的明確、檢驗范圍的劃定等方面均沒有具體操作規范，并非所有的檢驗報告都能達到預期的證明效果，需要進一步規范。