對于轉基因技術，崔永元表達了自己的立場，即科學家當然應該做相關研究，必須要做，而且一定做到國際領先。在他看來，轉基因技術的研究對食品，對環境都有可能有改善，而且他相信有可能做到這點。

　　在他看來，轉基因問題是一個系統性的問題，包括轉基因技術的研究、應用以及后期的產業化，他認為必須所有的環節都做好，才能保證轉基因的完整性?，F在作為反對轉基因的人士的他圍繞后面的應用以及產業化環節提出質疑，而應答者卻往往從第一個環節進行回復，即認為他反對轉基因技術，其實事實不是如此。

　　“當雙方找不到一個平臺，又都很激動，在兩個賽道上進行賽跑，不會有結果。”崔永元用這句話來描述既有的爭論，不過，他認為中國轉基因技術的發展不會因為這個受影響。在崔永元看來，轉基因之所以走到今天這個亂局，很大程度上在于相關部門的公信力沒有得到體現。而他對轉基因的反對也是反對違規亂種等方面。如果國家層面出臺了監管措施，加強監管，會是很好的一番景象。

　　另外，在科普上，要重新告訴老百姓真正轉基因的是什么。但是在中國不是所有科學家對科普感興趣。他覺得科普科學家都能做，但他們沒有耐心，沒有動力，動力就是對科學的熱愛，想別人都懂科學。我們的科學家沒有動力，也沒有能力?？破帐欠浅ｋy的。他不是研究者之間的對話，這是特別容易，專家和普通的公眾對話，一般人勝任不了，勝任了的話叫大家。

　　在崔永元看來，一個記者媒體人對科學的了解，和一個做生命科學的人對個體傳播方式的了解，都是非常淺薄的。他說喜歡的其實是拍電影。因此他希望科學家能夠與公眾有更好的交流。

　　日本厚生省用的非常有趣。你可以在網站上查到有多少種轉基因，你可以預約去他們的實驗室，可以到他們那去看，第三個更棒，網站上有個窗口是投票的，如果是上新的商品的話，看民意，如果投票反對，即終止。

　　要贏得公眾的信任，解開套子，特別簡單，就是農業部真正管起來。他們重視的話，自己就會信任。他們要負起責任來。第二件事，至少他們都要講道理。轉基因技術是雙刃劍，有可能考研到科學家的道德和良心，因此必須要監管起來。如果這些科學家承認前面操作中出現的問題，面對的問題，應該很快就可以解決。

　　科學家當然應該做研究，必須要做，而且一定做到國際領先。我覺得對食品，對環境都有可能有改善，沒有問題，科學不是放之四海而皆準的真理。沒有爭議，科學不發展就永遠沒有進步。